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Pas moins de onze taxes permettent de récolter 1 milliard d'euros par an, sans compter la TVA, qui a rapporté 1,1 milliard en 2006. La MECSS propose de réformer la taxe fondée sur les dépenses de promotion des laboratoires, qui est censée limiter le poids de la visite médicale, et dont « l'impact réel » est « incertain » . Tout comme la clause de sauvegarde, un prélèvement qui taxe les laboratoires dès que la progression de leur chiffre d'affaires dépasse un certain seuil. Celle-ci n'est pas appliquée en pratique, car les firmes pharmaceutiques préfèrent passer des accords conventionnels avec les pouvoirs publics. Le rapport préconise aussi de « stabiliser » la taxe sur le chiffre d'affaires, qui varie actuellement d'année en année, afin de « donner une meilleure visibilité » aux industriels. Le ministre du Budget, Eric Woerth, pourrait faire passer une réforme de cette fiscalité dans la loi de financement de la Sécurité sociale qui sera votée à l'automne, souligne le rapport.
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